We wrześniu 1996 roku zespół Tool wydał swój drugi studyjny album. Ænima okazała się być prawdziwym sukcesem, przełomem na ścieżce grupy. Niemal natychmiast po jego premierze ta rzuciła się w wir koncertów, tak w ramach własnej trasy koncertowej, jak i jako uczestnik kultowego Ozzfest.
Niestety, w tym samym czasie zespół znalazł się w centrum sporu prawnego z wytwórnią Volcano Entertainment. Strony oskarżały się wzajemnie o łamanie i niewywiązywanie się z umów. Konflikt trwał i to w jego trakcie członkowie Toola zaczęli działać w innych muzycznych projektach: Maynard James Keenan dołączył do A Perfect Circle, Adam Jones - The Melvins, Danny Carey działał za to z Jello Biafrą z Dead Kennedys. Pojawiły się plotki, jakoby Tool się rozpadał, w rzeczywistości jednak Jones, Carey i Chancellor pracowali nad nowym materiałem, czekając na powrót Keenana z trasy z APC. Do tego w 2000 roku ukazał się album koncertowy Salival, który sprawił, że fani i fanki stali się spokojniejsi o przyszłość zespołu. Tym bardziej, że także spór z labelem udało się polubownie zakończyć.
Muzyka - czy matematyka?
Tool oficjalnie ogłosił wydanie nowej płyty w styczniu 2001 roku. Formacja zdradziła tytuł, który miał brzmieć "Systema Encéphale" i zaprezentował liczącą 12 utworów tracklistę. Niestety, niemal natychmiast sieć zaczęły zalewać pliki z rzekomymi wersjami demo kawałków z nadchodzącej płyty grupy. Sami muzycy nie kryli krytyki wobec działań takich platform, jak słynny Napster, nic więc dziwnego, że zdając sobie sprawę z czasów, w jakich żyją zdecydowali się na... podstęp!
Tak tytuł, jak i lista kompozycji były fałszywe. Prawdziwa nazwa trzeciej płyty Toola brzmiała Lateralus i złożyło się na nią trzynaście piosenek. Projekt ukazał się oficjalnie 15 maja 2001 roku, kończąc tym samym 5-letnią przerwę wydawniczą grupy.
Na Lateralus zespół poszedł brzmieniowo zdecydowanie o krok dalej. Płyta tętni art rockiem i metalem progresywnym, do tego zaskakuje zaawansowaną, imponującą i niezwykle dopracowaną kompozycją, na którą szczególny wpływ miała... matematyka! Album dotarł na szczyt amerykańskiej listy przebojów, zapewnił zespołowi drugą nagrodę Grammy, a on sam kolejne miesiące spędził w promującej wydawnictwo trasie koncertowej.