Album Countdown to Extinction nie dotarł na szczyt amerykańskiej listy Billboardu. Zatrzymał się na drugiej pozycji. Wszystko przez Billy'ego Raya Cyrusa, ojca Miley Cyrus. To właśnie on okupował pierwsze miejsce za sprawą płyty Some Gave All. 

Kiedy grupa nagrywała Countdown to Extinction w USA trwały zamieszki z powodu Rodneya Kinga (czarnoskóry Amerykanin został dotkliwie pobity przez funkcjonariuszy policji podczas aresztowania, który zostali później uniewinnieni). Wydarzenia te sprawiły, że muzycy byli zmuszani opuszczać studio o szóstej z powodu wprowadzonej godziny policyjnej. –Nie ma nic gorszego niż moment twórczy i konieczność wyjścia. To było jak dźwięk szkolnego dzwonka – wspominał Mustaine. 

– Kiedy nagrywaliśmy "Killing is My Business... And Business is Good!" brałem trawkę, kokainę i heroinę. W trakcie tworzenia "Peace Sells... But Who's Buying?" brałem speed, kokainę i heroinę. Na "So Far, So Good... So What?" byłem na heroinie i freebase, z kolei przy okazji "Rust in Peace" uzależniłem się od papierosów. Na "Countdown to Extinction" to ja w czystej postaci. Byłem trzeźwy jak skała – powiedział lider Megadeth w 1993 w rozmowie dla Guitar School. 

Tytułowy utwór z albumu Countdown to Extinction został doceniony. Dzięki niemu, zespół otrzymał w 1993 nagrodę Genesis Award od Humane Society of America za podnoszenie świadomości na temat praw zwierząt. 

Na okładce płyty, po raz pierwszy, zabrakło wówczas Rattleheada, czyli maskotki zespołu. Kultowa postać, z liczydłem w postaci czaszek zmarłych, pojawiła się natomiast z tyłu okładki oryginalnego wydania (przy okazji reedycji to zmieniono). Warto nadmienić, że autorem jest Hugh Syme, który współpracował chociażby z Rush. – Chcieliśmy okładki, która byłaby jak stare okładki Led Zeppelin. Takiej, że patrząc na nią, zastanawiasz się: "O czym ci goście myślą?". Kiedy Hugh wpadł na kilka pomysłów, trafił w dziesiątkę. Facet lewitujący w celi więziennej reprezentuje ostatniego człowieka. Prowadzi to ku zagładzie – powiedział David Ellefson.