Na albumie Manson wciela się w glamrockowego, uzależnionego od substancji odurzających i płciowo obojętnego, „obcego mesjasza” o imieniu Omēga. Podobnie jak Ziggy Stardust Davida Bowiego, spadł on na ziemię, został schwytany, umieszczony w zespole The Mechanical Animals i zamieniony w produkt, gwiazdę rocka. Omēga bardzo szybko stał się odrętwiały na świat, zagubiony i został ukryty na Wzgórzach Hollywood, z powodu nadmiernego zażywania narkotyków jako mechanizmu radzenia sobie z życiem, które stworzyli mu jego korporacyjni panowie. Inną rolą Mansona jest rola Alfy, która wzorowana jest na nim samym i jego doświadczeniach związanych z zakończeniem trasy, promującej jego poprzedni album. Działając jako niemal sobowtór dla Omēgi, emocje Alfy zaczynają wracać. Bezbronny i próbujący ponownie nauczyć się, jak prawidłowo z nich korzystać, rozpacza z powodu tego, jak mało emocji odczuwają inni ludzie, obserwując ich i określając jako tytułowe Mechanical Animals.